いくつかの原因が考えられますが
1
public_html/server/等指定のフォルダー内にアップロードされていない
そのままFTPで接続されたディレクトリーにアップされている可能性があります
ドメイン設定の際に指定したフォルダを再確認して
publc_html/server等指定フォルダー内にアップされていないかご確認下さい
2
ネームサーバーが変更されていない
他社から移転される場合、ネームサーバーが移転前の会社のままになっている場合があります。
その場合、設定完了通知メールにある当社指定のネームサーバーに変更を行ってください